Khoa Thăm dò chức năng chính thức thành lập vào ngày 01/12/1996. Ban đầu, Khoa chỉ có 5 cán bộ. Hiện nay, tổng số nhân lực của khoa là 14, trong đó 03 bác sĩ, 10 điều dưỡng và 1 hộ lý. Khoa có 6 phòng khám chuyên khoa gồm nội soi tiêu hóa, nội soi phế quản, siêu âm tim, điện tim, điện não đồ và đo chức năng hô hấp.

Khoa Thăm dò chức năng có nhiệm vụ:

- Tổ chức, triển khai các kỹ thuật thăm dò chức năng để khám và điều trị bệnh.

- Tham gia đào tạo cán bộ y tế (đào tạo về nội soi tiêu hoá, điện tâm đồ...)

- Tham gia nghiên cứu khoa học: Nghiên cứu ứng dụng những kỹ thuật tiên tiến vào công tác chẩn đoán cũng như điều trị, triển khai các đề tài nghiên cứu tại bệnh viện ứng dụng trong công tác chuyên môn hàng ngày.

- Chỉ đạo tuyến dưới về chuyên môn, kỹ thuật: đào tạo nội soi tiêu hóa và điện tâm đồ cho tuyến huyện

- Tham gia quản lý kinh tế trong bệnh viện: Thực hành tiết kiệm, quản lý an toàn thiết bị được giao, quản lý có hiệu quả các phương tiện, máy móc.

Trong những năm qua, được sự quan tâm của lãnh đạo Bệnh viện, Khoa không ngừng nâng cao trình độ, phát triển chuyên môn kỹ thuật. Hiện tại, Khoa đã triển khai được các kỹ thuật:

- Các thủ thuật nội soi tiêu hóa can thiệp như: thắt tĩnh mạch thực quản bằng vòng cao su, tiêm và kẹp clip ổ loét  chảy máu, cắt polip ống tiêu hóa qua nội soi, gắp dị vật và bã thức ăn, sinh thiết ống tiêu hóa để chẩn đoán ung thư sớm, nội soi tiêu hóa gây mê...

- Thực hiện kỹ thuật siêu âm tim để chẩn đoán các bệnh lý tim bẩm sinh, bệnh van tim và bệnh cơ tim...

- Thực hiện nội soi phế quản để chẩn đoán và điều trị

- Điện tâm đồ thực hiện thường quy nhanh chóng và chính xác

- Đo chức năng thông khí để chẩn đoán các bệnh lý đường hô hấp và đánh giá kết quả điều trị .

- Điện não đồ để  chẩn đoán các bệnh lý về co giật và một số bệnh não